Клуб основан в 2015 году бывшим футболистом «Анжи» Шамилем Лахияловым. В первый год своего существования команда сумела завоевать Кубок Дагестана, и заняла первое место в чемпионате республики среди любительских команд. В июне 2016 года ФК «Легион-Динамо» прошел лицензирование в ПФЛ и был заявлен для участия в Первенстве России среди команд второго дивизиона группы «Юг» в сезоне 2016/2017 годов, сообщает пресс-центр ФК «Ротор-Волгоград».

Дебют у молодых динамовцев, а средний возраст футболистов 22,5 года, в профессиональном футболе выдался непростым. В первом туре махачкалинцы уступили в гостях армейцам из Ростова-на-Дону – 1:3. Первый мяч в истории команды на профессиональном уровне забил 22-летний полузащитник динамовцев Исмаил Корголоев.

В первом домашнем поединке команда «Легион-Динамо» сумела добиться ничейного результата с крепким «Афипсом» — 0:0. Ну, а первая победа к подопечным главного тренера команды Муслима Далиева пришла в домашней игре 4-го тура, состоявшейся 19 августа 2016 года. Поверженной оказалась майкопская «Дружба» — 1:0. Победный мяч оказался на счету Юрия Удуняна. 

Несмотря на то, что махачкалинская команда на сегодняшний день занимает последнее место в турнирной таблице группы «Юг», считаться с ее неуступчивым характером приходится любому сопернику. И он, этот характер, проявляется, казалось бы, в безнадежных ситуациях. Как пример, можно привести матч 12-го тура в Пятигорске против местного «Машука-КМВ». Проигрывая к исходу 30-й минуты первого тайма – 0:4, махачкалинские футболисты едва не ушли от поражения, сократив отставание в счете до минимума – 3:4. А в игре с «Ангуштом», уступая к перерыву — 0:1, сумели одержать волевую победу – 2:1.

О том, что в играх с этой командой расслабляться не стоит, говорит и ее победа над одним из фаворитов южной группы ФК «Сочи» — 1:0. То, что для «Легион-Динамо» не существует авторитетов, показал и матч первого круга, состоявшийся 30 октября 2016 года на стадионе «Олимпия» в Волгограде. Лидер турнира «Ротор-Волгоград» получил серьезное сопротивление со стороны дагестанской дружины, одержав в итоге непростую победу — 3:2, благодаря хет-трику Ильи Ионова.