Клуб основан в 1907 году. Прежние названия команды: «Олимпия» (1907-1930), «Динамо» (1931-1941), «Строитель» (1945-1956), «Труд» (1957-1959, 1970), «Цемент» (1960-1969, 1978-1991), «Гекрис» (1992-1993), ФК «Новороссийск» (2005), «Черноморец» (с 14.09.1993-2004, с 15.09.2005 по настоящее время).
В чемпионатах СССР команда начала выступать с 1960 года. Чемпион и обладатель Кубка РСФСР 1988 года.

При формировании нового чемпионата России в 1992 году новороссийская команда получила возможность выступать в первой лиге, где на второй сезон стала победителем зоны «Запад», но не смогла в переходном турнире войти в тройку призеров, которые получали право играть в высшей лиге. В 1994 году «Черноморец» снова стал победителем первой лиги уже по новому регламенту, без разделения на зоны, и получил право играть в элите российского футбола.

«Черноморец» выступал в Высшей лиге российского футбола до 2001 года. Самое высокое место, которое удалось завоевать команде в чемпионате среди сильнейших клубов страны –  шестое, в 1997 и 2000 годах.

Новороссийский «Черноморец» участник Кубка УЕФА сезона 2001/2002. Однако в первом же раунде в 1/64 финала «моряки» уступил испанской «Валенсии» (0:1 и 0:5). Кроме того, и в чемпионате страны клуб постигла неудача, и сезон он закончил на последнем месте.

В 2002 году «Черноморец» выигрывает чемпионат первого дивизиона, но на следующий год не находит в себе сил, чтобы закрепиться в высшей лиге. Зато по ходу сезона доходит до финала Кубка премьер лиги, где по сумме двух встреч уступил санкт-петербургскому «Зениту» (0:3 и 2:2).

В 2005 году клуб лишился лицензии и переименованный в ФК «Новороссийск» продолжил выступать в любительской лиге, где за год сумел вернуть себе статус профессионального клуба. А уже в 2007 году «Черноморец» занял первое место в зоне «Юг» второго дивизиона и получил право на повышение в классе, где и провел два последующих сезона. В дебютном команда заняла девятое место, а в следующем лишь восемнадцатое, которое не позволило новороссийцам сохранить прописку в первом дивизионе. Впрочем, возвращение состоялось через год. Уверенно заняв первое место в зоне «Юг» команда с Черноморского побережья вышла в Футбольную национальную лигу.

К сожалению, в сезоне 2011/2012 годов «Черноморец» не сумел удержаться в ФНЛ, заняв предпоследнее восемнадцатое место. Команда выбыла во второй дивизион, где и задает тон последние пять лет, неизменно борясь за призовые места в зоне «Юг».

В текущем первенстве страны, перед зимней паузой, «Черноморец» занимает четвертое место в турнирной таблице, имея в своем активе 30 очков после 17 проведенных игр. В матче первого круга, который состоялся 19 августа прошлого года на стадион «Зенит», «Ротор-Волгоград» переиграл новороссийский «Черноморец» со счетом — 2:0. Авторами забитых мячей в той встрече стали Олег Николаев и Дмитрий Губочкин.

Напоминаем, что игра 18-го тура между ФК «Черноморец» и ФК «Ротор-Волгоград» состоится на стадионе «Центральный» в Новороссийске 12 марта. Начало матча в 16.00. Главный судья — Сергей Смирнов (Кисловодск), помощники — Павел Егоров (Ростов) и Андрей Образко (Ставрополь).