В феврале 2013 года владелец ФК «Краснодар» Сергей Галицкий сообщил о намерении летом создать фарм-клуб и заявить его во второй дивизион. 27 мая 2013 года Галицкий подтвердил, что «Краснодар-2» был официально заявлен во вторую лигу зоны «Юг».     

12 июля 2013 года «Краснодар-2» сыграл свой первый официальный матч, уступив на своём поле новороссийскому «Черноморцу» — 1:3. По итогам первого сезона в профессиональном футболе команда заняла 17 место в зоне «Юг».

В Первенстве страны 2014/2015 годов ближайший резерв «Краснодара» на финише оказался одиннадцатым. Но уже в минувшем сезоне «Краснодар-2» был одним из лидеров зоны, замкнув в итоге тройку призеров. При этом команда стала самой результативной, забивая в среднем за игру по два мяча.

В «Краснодаре-2» собраны наиболее талантливые молодые футболисты, воспитанники как собственной школы, являющейся на сегодняшний день одной из ведущих в России, так и перспективные игроки из других регионов страны.

В текущем первенстве страны подопечные Дмитрия Кудинова пока выступают неровно. Победные матчи чередуются с поражениями, впрочем это не мешает «Краснодару-2» находиться рядом с лидирующей группой команд, являясь «крепким орешком» для любого соперника.

В первом круге в 9-ом туре 25 сентября «Ротор-Волгоград» на поле стадиона Академии «Краснодар» сумел одержать непростую победу над дублерами одного из ведущих клубов страны со счетом — 2:1. В первом тайме той встречи волгоградцы повели в счете благодаря голу забитому на 7-й минуте Сергеем Сечиным. После перерыва «Ротор-Волгоград» имел ощутимое преимущество и как следствие сумел забить второй мяч. Против Виктора Гараева защитники хозяев поля нарушили правила в собственной штрафной и Алексей Жданов удвоил счет с пенальти. Случилось это на 65-й минуте. Вскоре краснодарец Александр Моргунов вернул интригу в матче, забив мяч в ворота Валерия Полякова.

Однако финального штурма хозяевам поля провести не удалось. Во многом это произошло из-за того, что волгоградцы усилили прессинг по всему полю, лишив соперника возможности развивать атаки еще на дальних подступах к собственной штрафной. Вдобавок ко всему в конце матча «Краснодар-2» остался в меньшинстве. Красных карточек удостоились сразу два футболиста команды — Алексей Татаев и Лео Гогличидзе. В итоге «Ротор-Волгоград» добился заслуженной победы и остался единоличным лидером.

Источник: официальный сайт ФК «Ротор-Волгоград».